Tree2gd 1.0.40

树2gd

Tree2GD 提供了一个集成的管道来识别 WGD 事件，在一步或多个步骤中提供友好的命令，在自定义数据集中具有智能质量控制，多线程设计成本低，在检测 WGD 信号方面具有良好的性能，以及 GD 的高级可视化和 Ks 峰值。

Python 要求

我们目前推荐使用来自http://www.python.org的 Python 3.8 Tree2GD 目前在以下 Python 实现上得到支持和测试：

• Python 3.6、3.7、3.8 – 见http://www.python.org

• Pip3.6>=v19.2.3 – 见https://pypi.org/project/pip

通过sudo apt-get install python3-pip 或使用 get-pip.py安装

curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py
python3 get-pip.py

R 要求

为了完成最终的绘制结果展示，我们目前推荐使用https://www.r-project.org的 R>=v4.0.0

安装

pip3 install Tree2gd [--user]  #You may need the --user parameter if you do not have administrator rights

python3 setup.py build
python3 setup.py test
python3 setup.py install [--user] #You may need the --user parameter if you do not have administrator rights

测试

安装成功后，主程序命令Tree2gd和测试命令Tree2gd_test就会添加到你的系统中。您可以先通过运行以下命令检查 Tree2gd 是否安装成功：

$ Tree2gd -h

如果系统反馈了其对应的参数说明，恭喜您将Tree2gd正确安装到您的系统中！接下来，我们强烈建议您运行Tree2gd_test以使用我们准备的数据进行快速完整的 Tree2gd 测试，因为您可以获得以下好处：

1.检查我们默认使用的软件预编译版本是否适合您的系统，将不可用的替换为配置文件（配置见下文说明）。

2.第一次使用时，在最后的绘图部分，我们会花几分钟时间在R中安装几个依赖包，之后正式使用会更快更方便。

3.用户修改配置文件后，可以通过命令的-config参数添加自己的新设置进行测试，快速检测到新配置可以运行成功。

Tree2gd_test命令将以最快的参数设置运行完整的分析过程。它只包含两个可选参数命令：

$ Tree2gd_test [-t] [--config]
   -t [int] sets the number of threads for testing (default: 1)
   --config [str] uses the configuration given by the user File for testing (verify availability of custom configuration)

在4 cpu的情况下，完成一轮测试大约需要5分钟（第一次运行需要一些额外的时间来下载和安装R包）。运行成功后会在当前目录下生成一个文件夹``./Tree2gd_test_out``，可以查看（尤其是step6最终绘制结果Tree2GD.result.pdf），全面验证软件运行效果。

跑步

您只需使用以下最简单的命令即可完成所有WGD分析，并获得完美的图纸显示：

$ Tree2gd -i input_dir -tree phytree.nwk

其中phytree.nwk为newick格式的物种进化树。

input_dir文件夹包含 phytree.nwk 中以 fasta 格式包含的每个物种的所有相应蛋白质序列（默认后缀 .pep）和 cds 序列（默认后缀 .cds）。

此外，您可以添加以下可选参数，以使程序运行得更快更好（尤其是在使用多核运行时）：

-t t

线程数。默认值：1

-o outputdir

输出 dir.default:./output

--step step_num_str

您需要哪些步骤。默认：123456（从数字中选择：例如'234'）

--log logfile

日志文件名，否则日志将打印在标准输出上

--config config_file

config.ini 配置文件，留空以默认参数和程序自己的软件版本运行。

--debug

日志文件会包含各个软件本身的输出，方便查找错误（需要-log）

--only_script

只生成脚本，不自动运行。

--cds2tree

使用 cds 序列构建基因树。

详细参数配置文件：config.ini

Tree2gd 进程中有很多软件。默认情况下已使用程序的预编译版本。同时，这些软件有很多参数可以调整以达到最佳效果。

所以我们用config.ini文件来总结这些设置，通过-config参数输入到程序中，调用相应程序中的配置。

！笔记！该文件中的任何一项都是可选的，用户只需在相应的部分添加他们需要的行

[software]
#The path of all software used by Tree2gd.If one is not set or set to empty,the program will use its own pre-compiled software version (location at /THE/PATH/OF/python/site-packages/software/)
diamond =/THE/PATH/OF/python/site-packages/software/diamond
muscle=/THE/PATH/OF/python/site-packages/software/muscle
iqtree=/THE/PATH/OF/python/site-packages/software/iqtree
tree2gd=/THE/PATH/OF/python/site-packages/software/Tree2GD
phymcl=/THE/PATH/OF/python/site-packages/software/PhyloMCL
KaKs_Calculator=/THE/PATH/OF/python/site-packages/software/KaKs_Calculator
calculate_4DTV=/THE/PATH/OF/python/site-packages/software/calculate_4DTV_correction.pl
Epal2nal=/THE/PATH/OF/python/site-packages/software/Epal2nal.pl
dolloparsimony=/THE/PATH/OF/python/site-packages/software/dolloparsimony
[postfix]
#The file name postfix of each species protein and cds, the prefix must be exactly the same as in the tree file
pep=.pep
cds=.cds
[diamond]
#The parameters used by diamond, in addition to the following default parameters, the user can add any parameter that diamond can recognize
-e=1e-10
-p=4  #The number of threads used by each diamond, the number of parallel diamonds in actual operation is Tree2gd thread//it
[phymcl]
#The parameters used by phymcl, the user can add any parameter that phymcl can recognize
[mcl2fasta]
min_taxa=4 #The minimum number of species contained in each gene set when doing paper mulberry, cannot be less than 4, otherwise a meaningful tree cannot be built
[iqtree]
#The parameters used by iqtree, in addition to the following default parameters, the user can add any parameter that iqtree can recognize
-B=1000 #Ultrafast bootstrap (>=1000) If you do not set it default to 1000, you can force it to 0 so that bootstrap is not performed, but it is not recommended except for testing
-m=JTT+G4 #If the -cds2tree parameter is added, it will default to HKY. Please specify DNA or Protein when defining the tree structure model
[tree2gd]
#The parameters used by tree2gd, in addition to the following default parameters, the user can add any parameter that tree2gd can recognize
--bp=50

示例输出图显示

汇总输出图

交互式 html kaks 情节

R kaks 图

软件和引文