拉马钱德兰绘图工具

根据输入 PDB 文件（例如 1MBN.pdb）绘制拉马钱德兰图。利用高斯 KDE（核密度估计）来绘制有利扭转角（φ 和 ψ）的密度。

安装

RamachanDraw 托管在PyPi上。

pip install RamachanDraw

用法

Ramachandran 包含有用的函数，可轻松绘制 Ramachandran 图。

从在线存储库中获取 PDB 文件

要绘制 Ramachandran 图，我们需要一个 PDB 文件。您可以通过指定路径来使用本地 PDB 文件。或者，RamachanDraw 方便地包含一个功能，用于自动获取和本地存储给定 PDB id 的 PDB 文件。

论据

fetch(pdb_file)

• pdb_file (str)：要下载的 PDB 条目对应的 PDB id。
• Returns: PDB 文件的路径。

提取 φ 和 ψ 角

RamachanDraw 利用Biopython模块从 PDB 文件中提取 φ 和 ψ 角。return_ignored此外，可以使用参数提取图中未绘制的氨基酸残基。

论据

phi_psi(pdb_file, return_ignored)

• pdb_file (str)：要下载的 PDB 条目对应的 PDB id。
• return_ignored (bool)：
  • True返回格式为 (氨基酸, (phi, psi)) 的元组列表
• Returns：字典中的键为氨基酸残基，值为 (phi, psi) 角度值。

拉马钱德兰情节

利用matplotlib模块绘制高度可定制的 Ramachandran 图。

论据

plot(pdb_file, cmap='viridis', alpha=0.75, dpi=100, save=True, show=False, out='plot.png')

• pdb_file (str)：要下载的 PDB 条目对应的 PDB id。
• cmap (str): 用于（来自 matplotlib）偏好（“允许”）区域的密度的颜色图；默认为viridis。
• alpha (float)：设置颜色图的不透明度（值在 0-1 之间）；默认值为 0.75。
• dpi (int)：分辨率（每英寸点数）；默认值为 100。
• save (bool)：
  • True：在本地保存绘图；默认为真。
• show (bool)：
  • True：显示使用 Qt5Agg 后端的绘图；默认为假。
• out (str): 保存绘图时使用的文件名（即save=True）；默认为plot.png。
• Returns：Ramachandran 图（可以保存在本地）。

例子

在这里，您将在蛋白质数据库中与肌红蛋白条目 - 1MBN -对应的 PDB id 中找到一个示例。

from RamachanDraw import fetch, phi_psi, plot

# PDB id to be downloaded
PDB_id = '1MBN'

# Drawing the Ramachandran plot
plot(fetch(PDB_id))

# Generating a dictionary to store the phi and psi angles
# And returning the ignored aminoacid residues
phi_psi_dict, ignored_res = phi_psi(fetch(PDB_id), return_ignored=True)

贡献

欢迎提供反馈和建设性批评：a.dias.cirilo@umail.leidenuiv.nl。

执照

麻省理工学院