ProDy - 用于蛋白质动力学分析的 Python 包

用于蛋白质动力学分析的 Python 包

License: MIT License (MIT License)

作者: James Krieger, She Zhang, Hongchun Li, Cihan Kaya, Ahmet Bakan, and others

Tags protein, dynamics, elastic network model, Gaussian network model, anisotropic network model, essential dynamics analysis, principal component analysis, Protein Data Bank, PDB, GNM, ANM, SM, PCA

项目描述

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概要

ProDy 是一个免费的开源 Python 包，用于蛋白质结构、动力学和序列分析。它允许对蛋白质结构动力学和序列共同进化进行比较分析和建模。快速灵活的 ProDy API 用于交互式使用以及应用程序开发。ProDy 还带有几个分析应用程序和一个用于可视化分析的图形用户界面。

获得产品

您可以在所有主要平台上运行 ProDy。有关下载和安装说明，请参阅：

http://prody.csb.pitt.edu/downloads

文档

主页： http: //prody.csb.pitt.edu/
教程： http: //prody.csb.pitt.edu/tutorials
参考： http: //prody.csb.pitt.edu/manual
应用程序：http: //prody.csb.pitt.edu/manual/apps
NMWiz 图形用户界面：http: //prody.csb.pitt.edu/nmwiz
更改： http: //prody.csb.pitt.edu/manual/release

源代码

源代码：https ://github.com/prody/ProDy
问题跟踪器：https ://github.com/prody/ProDy/issues

执照

ProDy 在 MIT 许可下可用。有关详细信息，请参阅 LICENSE.txt。

Biopython ( http://biopython.org/ ) KDTree 和 TreeConstruction 模块与 ProDy 一起分发。Biopython 由 Biopython Consortium 开发，可在 Biopython 许可证 ( http://www.biopython.org/DIST/LICENSE ) 下使用。

Pyparsing ( https://github.com/pyparsing/pyparsing ) 模块与 ProDy 一起分发。Pyparsing 由 Paul T. McGuire 开发，可在 MIT 许可证 ( http://www.opensource.org/licenses/mit-license.php ) 下使用。

CEalign 模块 ( https://pymolwiki.org/index.php/Cealign_plugin ) 与 ProDy 一起分发。最初的 CE 方法由 Ilya Shindyalov 和 Philip Bourne 开发。ProDy 使用的 Python 版本由 Jason Vertrees 开发，可在新 BSD 许可下使用。

项目详情

许可证：麻省理工学院许可证（MIT 许可证）

作者： James Krieger、She Zhang、Hongchun Li、Cihan Kaya、Ahmet Bakan 等

标签蛋白质, 动力学, 弹性网络模型, 高斯网络模型, 各向异性网络模型, 基本动力学分析, 主成分分析, 蛋白质数据库, PDB, GNM, ANM, SM, PCA

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