安帕尔

用于表示生物分子结构的简单、直观和 Pythonic 框架。

安装

您可以从 pip 安装 AMPAL：

pip install ampal

或者从源代码下载/克隆这个存储库，导航到文件夹并输入：

pip install .

AMPAL 使用 Cython，因此如果您从源代码安装，请确保已安装它。

超级快速入门

将 PDB 文件加载到 AMPAL 中：

my_structure = ampal.load_pdb('3qy1.pdb')
print(my_structure)
# OUT: <Assembly (3qy1) containing 2 Polypeptides, 449 Ligands>

以直观的方式选择结构区域：

my_atom = my_structure['A']['56']['CA']
print(my_structure['A']['56']['CA'])
# OUT: <Carbon Atom (CA). Coordinates: (6.102, -4.287, -29.607)>

然后一路爬回层次结构：

print(my_atom.parent)
# OUT: <Residue containing 9 Atoms. Residue code: GLU>
print(my_atom.parent.parent)
# OUT: <Polypeptide containing 215 Residues. Sequence: DIDTLISNNALW...>
print(my_atom.parent.parent.parent)
# OUT: <Assembly (3qy1) containing 2 Polypeptides, 449 Ligands>

这只是一个简单的介绍，AMPAL 包含大量用于进行复杂选择和执行分析的工具。查看 文档以了解更多信息。

发行说明

v1.4.0

• 添加get_ss_regions到ampal.dssp. 此功能可用于提取特定二级结构中蛋白质的所有区域。
• 修复了 DSSPss_region标记的错误。过去常常遗漏末端残基。

v1.3.0

• 为 NACCESS 添加一个接口。使用 NACCESS 计算溶剂可及性的函数。

v1.2.0

• 为 DSSP 添加一个接口。如果您的计算机上有 DSSP 并且 mkdssp路径上有可用的命令，则可以使用该ampal.tag_dssp_data 功能将二级结构信息添加到结构中残基的标签字典中。
• 添加ampal.align模块。Polypeptides包含一个使用 MMC对齐两个的简单类 。最简单的接口就是align_backbones 函数。
  • 这是目前超级低效的，将被重新实现。

v1.1.0

• 将质心属性添加到残差。